啤酒发酵属于纯种发酵，所以如果环境卫生和工艺卫生管理不善，很可能造成对发酵液的微生物污染，由此引起的一些异味也会随之表现出来。
麦汁接种酵母后，所溶解的氧很快被酵母所消耗，所以好氧菌不易繁殖，对啤酒威胁不大。对啤酒威胁较大的是厌氧菌，尤其是乳酸杆菌和球菌。乳酸杆菌可导致啤酒产生酸味并伴有浑浊和沉淀。球菌感染除产生浑浊外，还产生双乙酰，实验表明，每毫升啤酒中含有2万个球菌，双乙酰含量就可达到0.25mg/L。下面发酵啤酒中出现的球菌多是在灌装过程中由于二次污染引起的。革兰阴性菌长时间潜伏后，会突然产生强烈的浑浊，并通过其代谢产物如丁酸、戊酸和乙酸使啤酒产生令人恶心的气味。啤酒中主要有害微生物对口味的影响见下表。
| 微生物种类 | 代谢产物 | 对啤酒口味的影响 |
| 埃希属 | 二甲基硫 | 芹菜味或烂卷心菜味 |
| 异型乳酸杆菌属 | 乳酸、乙醇、二氧化碳 | 变酸，伴有浑浊，沉淀 |
| 同型乳酸杆菌属 | 乳酸、双乙酰 | 变酸，伴有浑浊，沉淀 |
| 足球菌属 | 双乙酰 | 生青味，伴有浑浊，沉淀 |
| 短螺状菌属 | 乙酸、丙酸、硫化氢 | 下水道味并伴有浑浊，沉淀 |
| 巨型球菌属 | 丁酸、戊酸 | 腐烂味，恶臭，沉淀 |
| 酵母菌属 |
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粗糙的苦味，不愉快的臭味 |
对由微生物引起的啤酒异味的防止措施有如下几点。
①加强环境卫生和工艺卫生管理，严格按有关规程操作。
②对设备和管路进行严格的清洗和消毒，并经常检查清洗剂和消毒剂的浓度、温度和使用时间，加强对工艺卫生死角的处理。
③建立完善的卫生取样制度，对啤酒生产的全过程、半成品和成品进行严格的卫生检验，有条件的要进行厌氧微生物的检验。
④建立系统的半成品和成品品尝制度以便及时发现问题并采取有效措施。
