发酵是啤酒生产中极其重要的工艺过程，是一个有酵母参与的复杂的生化反应过程。锥形发酵罐由于自身的结构特点，决定了发酵的工艺特点。
①对酵母菌种的选择主要考虑以下因素：繁殖强度和起发速度、发酵能力、凝聚性、营养物质的利用率以及发酵副产物的生成等。
a.起发速度。酵母的繁殖强度和起发速度对于控制微生物污染具有重要的意义。迅速地起发会形成酵母的生长优势，有效抑制有害细菌如乳酸菌和球菌的繁殖，保证啤酒生产的良好卫生状况。
b.发酵能力。发酵能力用每克酵母每小时发酵产生的CO₂体积（mL）来表示，它代表酵母耗糖的能力，是酵母最重要的特性之一。酿制浅色的陈储啤酒，通常使用高发酵能力的酵母。因为迅速的主发酵对啤酒的香气、口味、杀口力和泡沫性能有利，再通过后发酵过程中CO₂的洗涤作用，将啤酒中对口味有害的挥发性发酵副产物排出，由此可生产出优质的浅色啤酒。
c.凝聚性。酵母的凝聚性直接影响发酵度和啤酒澄清，用于锥形罐发酵的酵母凝聚性应适中。如果酵母凝聚性过强，酵母过早沉降，主发酵会过早结束，导致发酵度过低；如果酵母的凝聚性较差，则会有过多的酵母进入后发酵，使啤酒产生酵母味。
d.发酵副产物。微量的发酵副产物即会对啤酒的口味形成显著的影响。酵母菌种应选择酯类和高级醇类生成量较低，且珍惜还原双乙酰能力较强的品种。
②冷却麦汁最好先经过滤或离心分离，充分除去凝固物，然后充氧、接种、入罐发酵。发酵温度可通过拟定的工艺进行程序控制。
③冷麦汁和发酵罐应处于无菌状态，最好在12~15h内连续满罐（尽量不超过20h），以免生成过量的双乙酰。前几批麦汁温度控制5~6℃，少通风或不通风，少加酵母或不加酵母，以避免形成多量的酵母代谢产物，特别是双乙酰。最后1~2批麦汁温度可控制在7℃左右。满罐的方式多种多样，各厂可根据实际情况协调掌握。
④主发酵完毕，锥体部分冷却24~4h，使酵母沉淀良好，排放酵母时如有必要可在液面上用CO₂加压。回收的酵母只留中层，作为下批接种用。如酵母沉降时间过长，可采用离心机分离酵母，使酒液内酵母含量符合要求。
⑤如果要求缩短酒龄，主发酵末期可提高温度和压力，保持数天，以加速双乙酰的还原（降至0.15mg/L以下），然后降温储藏。
⑥储酒可在同一锥形罐内进行（一罐法），也可在更廉价的普通储酒罐内进行（两罐法）。
