箱式发芽多以低温发芽方式来控制麦层温度，温度控制范围是14~16℃——17~18℃——13~15℃，这种工艺控制的生产方式获得的麦芽制成率高，色度、酶活力、溶解度都相当好。具体麦层温度控制要求在下麦后到进入第三天时，麦层温度不低于16℃，下麦3～5天时麦层温度保持在17~18℃，下麦5天后，麦层温度控制到13~15℃。在控制麦层温度时，要注意下列问题。
①要考虑浸麦水温对下麦时的麦温影响、浸麦度与露点率对麦温温升的影响以及气温对麦层散热的影响。
②注意控制发芽箱中各部位的麦层温差必须小于1℃。
③要注意控制风温与麦层温度之间的温差在3~4℃。
