箱式发芽的工艺操作要点如下所述。
（1）投料
又称为下麦，主要是利用大麦的自重，将大麦和水一同从浸麦槽自由下落进入发芽箱。
（2）摊平
大麦进入发芽箱后会堆成堆，利用发芽箱上方的翻麦机将麦堆摊平。
（3）喷水
这是操作规程中很重要的操作步骤，是利用装在翻麦机上的喷水管，随着翻麦机的移动而将水均匀地喷洒在麦层中。喷水量和次数由所选工艺决定。
（4）通风
箱式发芽采用能够使麦层温度稳定的连续通风方式。通风的温度和湿度是按照工艺要求进行控制和调节的。
（5）翻麦
利用发芽箱上方的翻麦机，从一端移动到另一端即完成了一次翻麦。在发芽开始和发芽后期翻麦次数少，发芽旺盛阶段每天翻麦2次即可。
（6）控制麦温和时间
此即将温度控制在工艺要求的范围之内，时间主要是待根芽和叶芽生长到一定长度（相当于麦粒长度的1.5~2倍）时，发芽基本结束。
（7）出料
发芽结束，要将绿麦芽利用翻麦机推到发芽箱出口，然后再利用其他方式输送至干燥箱。
