锥形发酵罐的酵母回收操作相对较简单，通常在双乙酰还原结束后，发酵液温度降至4℃左右时回收酵母。为保证足够的回收时间，在温度控制上一般是在4℃左右保持48h以利于酵母充分沉降。进入降温期后，对酵母泥一定要及时回收或排放，这是因为进入降温期后酵母大量沉积于锥底，可能会导致温度计不能准确反映酒液温度，给温度控制带来不便。
酵母的回收方式也不尽相同，有的厂家将可回收利用的酵母洗涤后储存于低温（0~2℃）无菌水中，需要添加时，经过计量装置计量后使用。也有的厂家在急需添加酵母时，将待回收的酵母直接从锥形罐排入酵母添加器，然后压入麦汁中，进行下一批发酵。在酵母回收时，应对回收的酵母定期进行性能测定及生理检验，发现严重变异或污染杂菌要弃之不用。对于降温后的废酵母应及时排放，如果废酵母沉淀于锥底的时间过长，在储酒时的高压下，会引起酵母自溶或死亡，从而影响成品啤酒的风味。
