麦汁煮沸过程中使蛋白质变性凝聚并在以后的操作中去除，这是提高啤酒非生物稳定性的重要措施。总的来说，煮沸过程中蛋白质的凝聚有两种形式，一种是在加热以及合适的pH条件下的蛋白质变性凝固，以这种形式去除的多为溶于麦汁的可凝固性氮，而且煮沸强度越高、煮沸时间越长、麦汁p越低，去除的可凝固性氮的数量就越多。另一种是蛋白质与其他成分，如单宁、部分苦味树脂和金属离子之间的络合与复合，这种结合体，开始的分子量是比较小的，在受热的情况下溶解，在遇冷的情况下又析出，随着这种作用的继续，分子量越来越大，最后形成大量的絮状物，此絮状物一般不再复溶而可以除去。
实际上，蛋白质变性凝固从60~70℃时就已经开始，只不过数量很少，随着温度的升高这种变化在不断加剧。单从蛋白质变性凝固方面考虑，经过常压煮沸60~70min，麦汁中可凝固性氮的含量即能达到工艺要求，但麦汁煮沸还要考虑其他因素，如苦味物质的溶解和异构等，所以还要适当延长煮沸时间，一般为90min左右。如果采用蛋白质含量高的原料（如添加小麦麦芽），还要适当延长煮沸时间，最长可达120min。但时间也不能过长，否则已经凝固的蛋白质有可能重新遭到破坏，另外，煮沸时间过长对麦汁色度也是不利的。
在控制好麦汁煮沸的工艺条件的同时，可通过取样检查麦汁中蛋白质的凝聚情况。一般在煮沸进行30~60min后，用烧杯取一杯煮沸麦汁观察，麦汁应清亮透明有光泽并有大量的絮状蛋白质凝聚物很快沉积于杯底，形成一层沉淀此时，麦汁中尚有部分细粒状颗粒悬浮，这种蛋白质凝聚情况是良好的。如果麦汁中没有大量的絮状凝聚物，仅有细粒状悬浮物，并呈现白色雾状浑浊或失光，说明蛋白质凝聚不良。需说明的是，麦汁冷却至室温时会产生失光，表现为不透明，这是正常现象，因为在60℃以下，麦汁会出现冷浑浊，一些细雾状的冷凝固物开始析出。
