糖化过程中影响蛋白质分解的因素主要有以下几方面。
（1）麦芽的质量
溶解良好的麦芽，在制麦阶段大分子蛋白质已分解60%~70%，α-氨基氮含量已接近酵母生长繁殖所需要的数量级，糖化过程只是调整各蛋白组分的比例，控制蛋白质分解，避免分解过度；对于溶解不足的麦芽，α-氨基氮含量较低，糖化过程中应加强蛋白质分解，如采用较低的投料温度、适当延长蛋白质休止时间等。
（2）休止温度和时间
由于起主要作用的内肽酶和羧肽酶的最适作用温度分别为50~65℃和50~60℃，在50~55℃蛋白质分解能力最强，所以蛋白质休止温度一般控制在50~55℃之间。蛋白质休止时间的长短应根据麦芽溶解状况而定。采用低温投料配合蛋白质休止，会使糖化醪中氨基酸含量大大增加。如果蛋白酶在低温阶段得到保护，则在超过其最适作用温度后，即在淀粉分解温度65~70℃时仍具有活性。因此，可以通过调节蛋白质休止温度和时间，来得到各蛋白组分适宜的比例。
（3）糖化pH
内肽酶和羧肽酶的最适作用pH5.0~5.2，糖化醪pH越接近此范围，蛋白质分解得就越多氨肽酶和三肽酶的最适作用pH偏碱性，在正常糖化过程中是难以发挥作用的。
（4）糖化浓度
与淀粉酶相同，糖化醪浓度高时蛋白酶也会受到胶体保护作用，这有利于蛋白质的分解。
（5）粉碎度
麦芽的粉碎度也对蛋白质分解有一定的影响。如粉碎较细，可增加蛋白质与酶的接触面积有利于蛋白质的分解。
